История Нижне-Бестяхской школы начинается в годы Великой Отечественной войны. В ноябре 1943 года Совет народных комиссаров утвердил открытие начальной школы под началом Якутского городского отдела народного образования. Из протокола Распорядительного заседания Совета народных комиссаров ЯАССР от 26 ноября – 11 декабря 1943 г.: «Утвердить открытие Наркомпросом ЯАССР начальной школы в п. Нижний Бестях Якутского района с контингентом в 40 человек», подписанного заместителем председателя СНК ЯАССР С. Борисовым и управляющим делами СНК ЯАССР И.Горским. В 1949 году школа была передана под ведомство Мегино-Кангаласского района.
По воспоминаниям выпускницы 1957 года Малькевич (Ляпунова) Людмилы Георгиевны, с 1943 по 1950 годы школа размещалась на берегу реки Лена, на известном народу местечке — «за протокой», это было небольшое здание – гостиница базы «Холбос». Школа была начальной, где обучались с 1 по 3 класс около 30 человек. Обучение продолжали в Павловской семилетней школе. В 1946-1947 гг. в школе обучалось более 40 учеников.
После войны население обратилось в Правительство Якутской АССР с обращением о строительстве и открытии семилетней школы. Так, в 1950 году было построено здание для 7-летней школы в п. Нижний Бестях. В 1963 году здание этой школы было перенесено на гору. Позднее, в нем располагался детский сад «Березка».
Первый выпуск семилетней школы был в 1953 году. Контингент обучающихся увеличился до 77 человек. Материальная база была низкой: 30 парт, 142 книги в библиотеке. По воспоминаниям учителя начальных классов Убоженко Августы Васильевны, заведующим школой в 1948 году был И.В. Пятков. Иван Васильевич в 1949 году был направлен на работу в Тюнгюлюнскую школу, а по возвращении в 1952 году был назначен директором Нижне-Бестяхской семилетней школы. С 1956-1958 г. директором школы работал Константинов Виктор Иванович.
С 1958 года школу возглавил Борисов Владимир Дмитриевич, который достойно проработал на этом посту 20 лет.
В декабре 1958 года принят закон СССР, согласно которому, на смену семилетки пришла обязательная восьмилетняя политехническая школа. В связи с этим, в 1962 году было начато строительство новой двухэтажной школы на 320 мест. Под руководством Владимира Дмитриевича ученики, коллектив, в целом весь поселок, получили новое здание, в котором в 1963-1964 году открылась восьмилетняя школа, на тот момент в ней уже обучалось 344 ученика. Позже, рядом построили здание мастерской. Поселок развивался, количество учащихся увеличивалось, и вскоре мастерская стала вторым учебным корпусом. Сегодня оба здания продолжают функционировать.
В 1965 году школа стала средней. В 1966-1967 учебном году школа выпустила первых своих выпускников со средним образованием.
В 1987-1988 учебном году в поселке введено в эксплуатацию новое трёхэтажное каменное здание школы на 624 места. Старшие классы перешли в новое здание, в старой школе остались начальные классы. Коллектив школы работал под общим руководством.
А в следующий 1988-1989 учебный год в посёлке стали функционировать 2 школы. За ними в народе закрепились своеобразные названия — маленькая и большая, деревянная и каменная. Наша стала школой 1 ступени и начала свой самостоятельный исторический путь…
По решению исполкома райсовета в связи с тем, что «рабочий посёлок Нижний Бестях находится в зоне АЯМа, население быстро растёт. Введённая в 1988 году новая школа на 624 места уже перегружена. Возникла необходимость разгрузки контингента учащихся среднего звена для эффективного проведения учебно-воспитательной работы с подростками». Учитывая данные обстоятельства «на базе бывшей средней школы, ныне начальной, открыть неполную среднюю школу с 1 сентября 1988 года. Среднее звено комплектовать поэтапно, т.е. в 1988-1989 учебном году открыть один 4 класс». 12 мая 1988 года вышел приказ о назначении Трофимовой Анастасии Филипповны на должность директора Нижне-Бестяхской неполной средней школы.
С этого момента школа готовится к переходу на статус школы I ступени, поэтому в мае 1993 года школа выпустила своих девятиклассников (классный руководитель Яковлева Т.С.), после чего изменила свой статус. Одновременно в двухэтажном здании проводится капитальный ремонт, после которого обновленная школа встречает своих учеников 1-4 классов. В 1993-1994 учебном году в школу пришли первоклассники, которые через 11 лет стали первыми выпускниками средней школы №2.
В сентябре 1998 года по распоряжению Администрации Мегино-Кангаласского улуса (глава Артемьев Г.М.) «О реорганизации школы I ступени п. Нижний Бестях в общеобразовательную школу I-II ступени» школа получила новый статус и стала школой I-II ступени с культурно-эстетическим центром, таким образом, в 1998-1999 учебном году был открыт 5 класс с гуманитарным уклоном. При общеобразовательной школе работала музыкальная школа с классом фортепиано (руководитель Кириллина Е.А.), класс аккордеона (руководитель Черноброва Д.И.), класс скрипки (руководитель Разувайлова Л.М.), класс баяна (руководитель Емельянов А.М.), заместителем директора по культурно-эстетическому направлению работала Яковлева Т.С.
В 2000 году по решению Главы МО «Мегино-Кангаласский улус» Артемьева Г.М. школа была реорганизована в школу № 2. В 2002 году по распоряжению Администрации Мегино-Кангаласского улуса (от 23 декабря 2002г.) школа из основной общеобразовательной школы реорганизована и стала «Нижне-Бестяхская средняя общеобразовательная школа №2». Таким образом, школа в новом статусе выпустила своих первых выпускников полной средней школы в 2005 году.
В 2007 году под руководством Трофимовой А.Ф. школа пережила очередной капитальный ремонт, в результате которого приняла новый, современный облик.
С 2008 года руководство школы приняла Игнатьева Светлана Кимовна. Посёлок интенсивно рос и развивался, стал административным центром Мегино-Кангаласского улуса, появился новый генеральный план развития посёлка, который предусматривал строительство новой школы, поэтому руководством школы было принято решение в 2009 году открыть два первых класса. Все эти годы школа показывала высокий уровень успеваемости своих учеников, имела высокие результаты в олимпиадах, научно-практических конференциях.
В связи с Федеральной целевой программой развития образования на 2006-2010 год, 28 декабря 2010 года вышло Распоряжение районной Администрации МР «Мегино-Кангаласский улус» о переименовании школы в «Нижне-Бестяхская средняя общеобразовательная школа №2 с углубленным изучением отдельных предметов». В качестве приоритетного направления было выбрано политехническое направление.
Никитина Наталья Петровна, Прохорова Наталья Викторовна.